学校设有理学、农学、工学、管理学、经济学、文学、历史学、教育学等学科门类，现有省优势特色学科1个、省一流学科A类1个、省一流学科B类6个，其中海洋科学学科在教育部第四轮学科评估中位列第5，水产学科位列第8，植物与动物科学、农业科学、工程学、化学、环境生态学5个学科进入ESI全球前1%。拥有海洋科学、水产、船舶与海洋工程、石油与天然气工程、食品科学与工程、农林经济管理、机械工程、数学、水利工程9个一级学科硕士点，交通运输、农业、旅游管理、药学、资源与环境、土木水利、生物与医药等8个专业硕士学位点。设置46个本科专业，其中国家级一流本科专业6个，国家特色专业2个，省级一流本科专业13个，省重点专业9个，省优势专业7个，省特色专业8个。